Otto sempre foi teólogo, mas isso não é motivo para excluir a sua contribuição para a ciência da religião. Por outro lado, não era um fenomenólogo da religião. O seu conceito de intuição estético-religiosa, ou intuição subjetiva da totalidade, não acessível à ciência procede da corrente neo-kantiana. Ele procurou compreender o fenômeno religioso a partir de uma aproximação entre filosofia e teologia, isto é, de uma filosofia religiosa da religião, ou de uma teologia filosófica, o que constitui uma hermenêutica perfeitamente legítima para fundamentar a ciência da religião. A ciência da religião torna-se assim um empreendimento filosófico, baseado na natureza racional-intelectual do espirito humano. Por outro lado, Otto defendia a possibilidade de harmonizar uma interpretação naturalista do mundo com uma interpretação religiosa, superando assim o conflito de interpretações.
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